防霉在炎热、潮湿的环境下，档案极易发生霉变。档案一旦长霉，霉菌很难除去，渗透到纸张内部的霉菌还会使纸张的牢固性在数天之内降低，因此，档案密集架放置的环境应尽量通风。若发现档案已经生霉，则可用软刷、干布等蘸取福尔马林或的酒精擦去霉菌，然后晾干。
防虫档案一旦被虫蛀，严重者千疮百孔，不可收拾。防蛀的方法是保持档案室、档案密集柜、档案密集架等空气流通，清洁干燥。对新装入的档案密集架的档案，应严格检查，发现有虫蛀的，不经杀虫处理不得装入档案箱柜，对已装入档案密集架的档案，要经常检查。发现虫害，及时治理。为有效杀虫，可以在档案密集柜中放置一些档案专用防虫药物。
防光光线中的紫外线辐射对纸张中的纤维素和木质素都有很大的直接破坏作用，使纸张强度降低，因而档案密集架、档案密集架等应安放在避免日光直晒之处。较难避开的，可采用悬挂遮阳窗帘来防止光线照射档案，也应尽量避免灯光长时间直射档案。
防尘灰尘会摩擦和破坏档案纸张纤维，会使档案字迹线条模糊不清。有的灰尘如苏打、水泥等有酸性或碱性，对档案有较强的腐蚀作用，灰尘还是微生物寄生和繁殖的掩护者，是各种霉菌的传播者。所以，保护好档案必须做好防尘工作。要经常打扫档案室，清洁档案密集架，防止灰尘污染档案。
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